Varolan sabit disk yapılandırmanıza bağlı olarak, Kur sırasında aşağıdaki seçenekleri kullanabilirsiniz: Sabit disk bölümlere ayrılmamışsa, Windows 2000 bölümünü oluşturabilir ve boyutlandırabilirsiniz.Varolan bölüm yeterli büyüklükteyse, Windows 2000'i bu bölüme yükleyebilirsiniz. Varolan bölüm çok küçükse, bununla birlikte bölümlere ayrılmamış uygun alanınız varsa, bu alanda yeni bir Windows 2000 bölümü oluşturabilirsiniz. Sabit diskte bölümler varsa, Windows 2000 bölümü için daha fazla bölümlendirilmemiş disk alanı oluşturmak amacıyla bunlardan bazılarını silebilirsiniz. Bir bölümü silerseniz, bu bölümdeki tüm verileri de silmiş olursunuz.
Windows 2000 Professional'ın çift önyükleme yapılandırmasını kuruyorsanız, Windows 2000'i kendi bölümüne yüklemeye dikkat edin. Windows 2000'i farklı bir işletim sistemiyle aynı bölüme yüklemek, Kur'un, diğer işletim sistemi tarafından yüklenen dosyaların üzerine yazmasına neden olabilir.

Bir NTFS bölümünü FAT'a dönüştürmek için, önce tüm dosyalarınızın yedeğini almanız, ardından bölümü FAT olarak yeniden biçimlendirmeniz (tüm dosyaları siler), sonra da dosyaları yedekten geri yüklemeniz gerekir. Windows NT'de oluşturulan NTFS bölümünü, Windows 2000'de kullanılan NTFS sürümüne dönüştürdükten sonra geri yükleyebilirsiniz.
FAT bölümünü FAT32'ye dönüştürmek için, önce tüm dosyalarınızın yedeğini almanız, ardından bölümü FAT32 olarak yeniden biçimlendirmeniz (tüm dosyaları siler), sonra da dosyaları yedekten geri yüklemeniz gerekir.